Nord-Troms Museum skal arbeide med kulturelle brytninger og møter i fortid og samtid. Institusjonen skal løftes faglig og organisatorisk til et nivå der den kan inngå i nasjonale museumsnettverk og finne sin plass i en nasjonal arbeidsdeling innenfor museumsektoren.
Sentrale områder som Nord-Troms Museum skal arbeide med er sjøsamisk og kvensk kultur. Museet skal også fokusere på de møter som har oppstått mellom disse og andre kulturer.
Nord-Troms Museum skal arbeide med kulturelle endringer i samtiden og møter/brytninger mellom de gamle og nye kulturene i Nord-Troms. Dette vil danne grunnlaget for utviklingen av problemstillinger og spørsmål ved alt av museets virksomhet.
Nord-Troms Museum skal oppfattes som en organisasjon som har relevans for befolkningen i Nord-Troms.
Nord- Troms Museum har sitt virkefelt innenfor de seks kommunene, Lyngen, Storfjord, Kåfjord, Nordreisa, Skjervøy og Kvænangen, som faller innenfor regionrådssamarbeidet.
Nord-Troms Museum skal arbeide for at Norge skal kunne oppfylle sine forpliktelser i henhold til internasjonale konvensjoner.