En viktig del av formålet med verneområdene dreier seg om å ta vare på kulturminner. Under forarbeidene for vernet ble det gjennomført en enkel kartlegging av kulturminner i Navitdalen og Kvænangsbotn. Denne avdekket enkelte funn slik det fremgår av kartet under. Det er imidlertid store områder som ikke er kartlagt hvor sannsynligheten er stor for at det finnes mange flere kulturminner.

I samarbeid med Navitdalen og Kvænangsbotn landskapsvernområde har museet det faglige ansvaret for registrering av samiske og kvenske kulturminner i området. 

Ansvarlig for prosjektet i museet er Lise Brekmoe